Dans son Rapport sur la politique extérieure 2009, le Conseil fédéral réitère trois objectifs à court et à moyen terme en matière de politique européenne :

1. Mise en œuvre rapide et efficace de l'ensemble des accords bilatéraux conclus avec l'UE.
2. Développement des relations avec l'UE par la conclusion d'accords additionnels dans de nouveaux domaines d'intérêt commun.
3. Consolidation des relations avec l'UE.

Le premier objectif concerne notamment le suivi des développements de Schengen/Dublin, la mise en vigueur définitive de l'Accord sur la lutte contre la fraude (un Etat membre de l'UE ne l'a pas encore ratifié; la Suisse l'applique provisoirement avec les autres Parties qui le souhaitent), ainsi qu'une éventuelle révision de l'Accord sur la fiscalité de l'épargne.

De nouveaux accords bilatéraux sont envisageables dans d'autres domaines, à condition qu'il existe un intérêt mutuel à cette fin (deuxième objectif). Des négociations sont actuellement en cours dans les domaines suivant: électricité; agriculture, sécurité des aliments et des produits ainsi que santé publique; navigation par satellite (GALILEO et EGNOS) ; commerce des droits d'émission (ETS); et coopération entre les autorités de concurrence. Des travaux préparatoires sont en cours dans d'autres domaines: promotion de la paix, et sécurité chimique (REACH). Parmi d'autres thèmes potentiels figurent les questions fiscales, au sujet desquelles l'UE a manifesté son intérêt à négocier.

Le troisième objectif consiste à consolider la coopération bilatérale pour garantir la sécurité juridique du réseau d'accords bilatéraux et ainsi assurer sa pérennité. 

L'adaptation des accords aux développements du droit européen est, aujourd'hui, un des principaux défis de la voie bilatérale. L'UE exige de plus en plus que la Suisse reprenne automatiquement les développements de l'acquis communautaire pertinent pour les accords bilatéraux, ce qui n'est pas acceptable pour la Suisse pour des raisons de souveraineté. La Suisse est prête à accepter que les négociations se fondent à l'avenir sur l'acquis communautaire déterminant, pour autant que la souveraineté de la Suisse soit respectée; tout automatisme doit donc être exclu. La reprise de l'acquis et de ses évolutions doit être compensée par une participation adéquate à la prise de décision («decision shaping»). Les délais pour la reprise des développements de l'acquis doivent tenir compte de la durée des procédures suisses et les adaptations des accords doivent être effectuées d'un commun accord. Enfin, au cas où la Suisse ne serait pas en mesure de reprendre l'acquis, l'UE doit pouvoir prendre des mesures de compensation, lesquelles doivent cependant rester dans le cadre de la proportionnalité.

C'est intentionnellement, et en parfaite connaissance des avantages et des inconvénients qui en découlent, que la Suisse a opté pour l'approche bilatérale.

Lors de sa séance spéciale du 18 août 2010, le Conseil fédéral a décidé que la Suisse devait continuer à développer ses relations avec l'UE sur la base d'accords bilatéraux sectoriels. Certes, il devient plus difficile de poursuivre sur cette voie et la recherche de solutions s'écartant du droit européen fait l'objet d'âpres négociations bilatérales. Il n'en demeure pas moins que, selon le Conseil fédéral, la Suisse et l'UE ont un intérêt commun à trouver des solutions au moyen d'accords spécifiques dans de nombreux domaines, en raison des relations particulièrement étroites qu'elles entretiennent. Aux yeux du Conseil fédéral, la voie bilatérale demeure donc actuellement celle qui convient le mieux pour assurer l'indispensable convergence des intérêts des deux Parties.

Pour la poursuite de la voie bilatérale, le Conseil fédéral entend suivre les principes directeurs suivants:

• Chacune des deux Parties doit respecter la souveraineté et le bon fonctionnement des institutions de son partenaire. Les procédures décisionnelles de la Suisse, ancrées dans sa Constitution, doivent être respectées. La Suisse exclut en particulier une reprise automatique des nouveaux développements du droit de l'UE dans les domaines régis par les accords.
• Des mécanismes institutionnels doivent faciliter la mise en œuvre et le développement des accords.
• L'équilibre des intérêts des deux Parties doit être préservé, notamment en évitant de nouveaux obstacles entravant l'accès aux marchés et en garantissant des conditions-cadres équivalentes pour les deux partenaires.
• La Suisse doit contribuer à résoudre les défis communs en Europe. A cette fin, elle continue à mener une politique visant à assurer la sauvegarde de la paix, la mise en place de solutions durables (dans la politique des transports p. ex.) et le maintien de la stabilité politique, économique et sociale.

Dans son rapport sur l'évaluation de la politique européenne de la Suisse, le Conseil fédéral a procédé, en automne 2010, à une nouvelle appréciation des différents instruments de la politique européenne en se fondant sur ces critères. Ce faisant, il est arrivé à la conclusion que, d'un point de vue de politique étrangère, la voie bilatérale demeure praticable et qu'elle représente actuellement l'instrument de politique européenne bénéficiant du plus grand soutien sur le plan interne, mais que sa poursuite devient plus difficile et qu'un certain nombre d'ajustements sont nécessaires pour concilier les intérêts de la Suisse et de l'UE.

En vue de la consolidation, de la sécurisation et du développement de la voie bilatérale, il est prévu, entre autres, de prendre les mesures suivantes:

• Les négociations actuellement en cours avec l'UE seront poursuivies et conclues.
• Les travaux seront poursuivis en vue de la conclusion de nouveaux accords sur les objets pour lesquels le Conseil fédéral a adopté un mandat de négociation.
• Les questions institutionnelles qui se posent dans le contexte des accords bilatéraux - qui comprennent, entre autres, les modalités de l'adaptation des accords aux développements de l'acquis communautaire, l'interprétation des accords et le règlement des différends - seront examinées, conjointement avec l'UE, en vue d'élaborer des solutions qui facilitent leur application tout en tenant dûment compte du respect de la souveraineté des deux Parties et du bon fonctionnement des institutions.
• Le Conseil fédéral continuera d'évaluer de manière permanente les divers instruments de politique européenne afin d'être à même de procéder à des adaptations en fonction des évolutions.

Le 26 janvier 2011, le Conseil fédéral a décidé de poursuivre la voie bilatérale en adoptant une approche d'ensemble et coordonnée. Le 8 février 2011, à Bruxelles, la présidente de la Confédération Micheline Calmy-Rey a convenu avec le président de la Commission européenne Barroso d'approfondir et de concrétiser cette démarche.

Le 1er février 2012, le Conseil fédéral a fixé dans une feuille de route les prochaines étapes de la poursuite des négociations bilatérales. Les négociations dans le dossier électricité/énergie doivent être rapidement avancées. Dans ce cadre, il conviendra de trouver des solutions aux questions institutionnelles, qui concernent la reprise par la Suisse des développements du droit de l'UE pertinent, la surveillance et l'interprétation homogène des accords, et le règlement des différends. Si cela est acceptable pour les deux Parties, ces solutions pourraient servir de modèle pour d'autres dossiers de négociation. L'approche coordonnée comprend d'autres domaines de négociation: des dossiers portant sur l'accès au marché tels que REACH, l'agriculture et la santé publique; ainsi que des dossiers de coopération tels que le commerce des certificats des droits d'émission de CO2, le programme de navigation par satellite (GALILEO) et la coopération entre les autorités de concurrence.

Lors de leur rencontre de travail avec le président de la Commission, José Manuel Barroso, et le président du Conseil de l'UE, Herman Van Rompuy, le 20 mars 2012 à Bruxelles, la présidente de la Confédération Eveline Widmer-Schlumpf et le conseiller fédéral Didier Burkhalter ont discuté des prochains pas concrets afin de renouveler la voie bilatérale, en particulier à propos des questions institutionnelles. Après une consultation interne, le Conseil fédéral a approuvé le 15 juin 2012 à l'adresse de l'UE sa position sur les principes applicables aux questions institutionnelles. Ces principes ont notamment trait à l'uniformité (homogénéité) de l'application et de l'interprétation des dispositions ancrées dans les accords bilatéraux, aux développements du droit, à la surveillance de l'application des accords bilatéraux et au règlement des différends.

_{Juin 2012}