Am 13. Dezember 2007 unterzeichnen die EU-Staaten in Portugal den neuen Vertrag, genannt «Vertrag von Lissabon», den alle Mitgliedstaaten bis 2009 ratifizieren sollen. Bei einer ersten Abstimmung im Juni 2008 lehnt die irische Bevölkerung den Vertrag jedoch ab. Nachdem der Europäische Rat Irland gegenüber einige Konzessionen gemacht hat, lässt die irische Regierung die Abstimmung wiederholen. Am 2. Oktober 2009 stösst der Vertrag von Lissabon bei den irischen Stimmberechtigten dann auf eine breitere Zustimmung. Nachdem auch Polen und zuletzt die Tschechische Republik den Vertrag ratifizieren, tritt dieser am 1. Dezember 2009 in Kraft.

Mit dem Vertrag von Lissabon werden frühere Verträge nicht ersetzt sondern geändert. Die neuen Grundlagen der EU heissen seither «Vertrag über die Europäische Union (EUV)» und der «Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union (AEUV)». Der Lissaboner Vertrag schafft das bisherige Drei-Säulen-Modell ab. Die Europäische Union ersetzt die Europäische Gemeinschaft. Neu wird der Posten eines ständigen Präsidenten des Europäischen Rats (Gremium der Staats- und Regierungschefs) geschaffen, der den Vorsitz der EU-Gipfel, welche mindestens vier Mal jährlich stattfinden, übernimmt. Der erste Inhaber dieses Amts ist der Belgier Herman Van Rompuy. Aufgrund des Lissaboner Vertrags hat die EU neu ein einheitliches Gesicht gegen aussen: Die Britin Catherine Ashton ist die erste Hohe Vertreterin der Union für Aussen- und Sicherheitspolitik; sie vereint in ihrer Person die vormaligen Ämter des Kommissars für Aussenbeziehungen und des Hohen Vertreters für die Gemeinsame Aussen- und Sicherheitspolitik. Zudem ist sie Vizepräsidentin der Europäischen Kommission. Während der Europäische Rat nun einen ständigen Präsidenten hat, der jeweils für zweieinhalb Jahre gewählt wird, bleibt im Rat der EU (Gremium der Fachminister in verschiedenen Zusammensetzungen, auch «Ministerrat» genannt) die halbjährlich rotierende Präsidentschaft durch einen Mitgliedstaat erhalten.

Das Wichtigste des Vertrags von Lissabon

• Bürgernähe und Demokratie: Das Europäische Parlament, welches die EU-Bürger repräsentiert, erhält mehr Mitentscheidungsrechte. Mit 1 Mio. Unterschriften von einem Viertel der EU-Mitgliedstaaten kann eine Bürgerinitiative eingereicht werden, welche die EU-Kommission einlädt, dem Rat der EU Gesetzesvorschläge vorzulegen. Die Grundrechtes-Charta wird durch einen Verweis im Vertrag EUV als bindend erklärt.  
• Handlungsfähigkeit und Transparenz: Im Ministerrat wird ab 2014 (und unter schrittweiser Einführung bis 2017) das qualifizierte Mehr als doppelte Mehrheit von 55% der Mitgliedstaaten, die mindestens 65% der Gesamtbevölkerung ausmachen, definiert und auf weitere Politikfelder ausgedehnt. Der Europäische Rat wird eine eigenständige EU-Institution, welche von einem dafür bestimmten Präsidenten geleitet wird. Seine Amtszeit dauert zweieinhalb Jahre und kann einmal verlängert werden. Ein «Hoher Vertreter für Aussen- und Sicherheitspolitik» koordiniert neu die EU-Aussenpolitik. Ihm steht der Europäische Auswärtige Dienst (EAD) zur Verfügung, der seine Arbeit am 1. Dezember 2010 aufgenommen hat. Der EAD setzt sich aus Beamten der Europäischen Kommission, des Sekretariats des Rats der EU und der nationalen Diplomatischen Dienste zusammen. Die EU will ihre Aussenpolitik damit kohärenter gestalten.
• Vereinfachung der Struktur: Die drei Pfeiler der EU werden vereint. Die EU erhält eigene Rechtspersönlichkeit und kann als solche mit Drittstaaten, wie beispielsweise der Schweiz, Verträge abschliessen.
• Föderalismus und Aufgabenteilung: Die Kompetenzverteilung zwischen der EU und den Mitgliedstaaten wird geklärt und vereinfacht. Die Rolle der nationalen Parlamente wird gestärkt: Falls sich eine Mehrheit der nationalen Parlamente gegen einen Gesetzesvorschlag der Kommission ausspricht, muss diese ihren Vorschlag überarbeiten oder schriftlich begründen.